Μετά την επιβολή της χούντας, αρχικά δραπέτευσε από την Ελλάδα, αλλά επέστρεψε κρυφά μαζί με τον εφοπλιστή και εγγονό του Ελευθερίου Βενιζέλου Νικήτα Βενιζέλο, προετοιμάζοντας ένοπλη εξέγερση στην Κρήτη και εφοδιάζοντας με όπλα τους τοπικούς αντιστασιακούς αλλά οι κινήσεις τους προδόθηκαν στις χουντικές υπηρεσίες και αναγκάστηκαν να διαφύγουν και πάλι στο εξωτερικό.

Το 1980, αποχώρησε από την ΕΔΗΚ και προσχώρησε στο Κόμμα Φιλελευθέρων του Νικήτα Βενιζέλου, όπου ανέλαβε γενικός γραμματέας. Μετά την προσχώρηση του Παύλου Βαρδινογιάννη στο Κόμμα των Φιλελευθέρων, το 1983, αποχώρησε και τελικά προσχώρησε στο ΠΑΣΟΚ, λόγω της παλαιάς γνωριμίας του με τον Ανδρέα Παπανδρέου.

Ο ρόλος του στην υπόθεση του Οτσαλάν

Ως βουλευτής ο Κώστας Μπαντουβάς είχε ασχοληθεί έντονα με το κουρδικό θέμα, ενώ είχε επαφές με το PKK.

Όταν ο Αμπντουλάχ Οτσαλάν, ηγέτης του PKK, που καταζητούνταν από τους Τούρκους και τους συμμάχους τους ως «τρομοκράτης», ο Οτσαλάν ήρθε στην Ελλάδα στις 10 Οκτωβρίου του 1998.

Σύμφωνα με ρεπορτάζ της εποχής, ήταν ο Κώστας Μπαντουβάς, ο οποίος είχε διαβεβαιώσει την ηγεσία του PKK ότι «ο Οτσαλάν θα γινόταν δεκτός στην Ελλάδα», χωρίς όμως ποτέ να ειδοποιήσει την κυβέρνηση του Κώστα Σημίτη.